1986年7月，佛山海關三水工作組成立，后來發展成為科級辦事處。

1993年7月，乘三水撤縣建市的東風，經國務院批準，中華人民共和國三水海關正式設立！同年10月16日正式掛牌,正式成立。

三水海關受廣州海關直接領導，關區管轄范圍包括佛山市三水區的9個鎮（街道）。主要業務種類有：監管進出境運輸車輛、來往港澳小型船舶、監管進出口貨物、征收關稅和其他稅費，辦理轄區內“三資”企業、保稅倉庫的注冊登記、報關員的注冊登記，加工貿易企業的合同備案、核銷與執行中期的核查、稽查、查緝走私違法活動，編制海關統計等。